Tras el éxito copero de 1996, el Numancia, la afición y la ciudad estaban llamadas a seguir experimentando cosas grandes. La directiva de Francisco Rubio continuó su inmejorable labor para lograr el ascenso a Segunda División. El año siguiente, en la temporada 96-97, el Numancia, gracias a un espectacular tramo final de temporada, se clasificó para disputar la liguilla de ascenso y no defraudó.
Soria vivió otra noche gloriosa cuando su equipo ganó 2-0 en Los Pajaritos al Recreativo de Huelva. El Numancia volvía a ser, por fin, un equipo de Segunda. Después de cincuenta años de lucha, los rojillos regresaron a la división de plata con el apoyo de una afición más ilusionada que nunca. La primera temporada en Segunda fue muy dura. El Numancia logró la permanencia en la última jornada y fue tan celebrada como el ascenso del año anterior.
La temporada 98-99 es otro de los años grabados a fuego en la afición numantina. Con Lotina de vuelve en el banquillo rojillo, comenzaba la segunda temporada consecutiva del Numancia en la división de plata. Un modesto con corazón de grande estaba a punto de dar el salto a la mejor liga del mundo y estrenó nuevo escenario de juego, Los Pajaritos, el 14 de enero de 1999.
Tras una complicada temporada, un final arrollador permitió conseguir el tan ansiado sueño. Se consiguieron doce puntos de los doce posibles y tras vencer otra vez al Recreativo de Huelva por 3-0 en el Municipal soriano, el Numancia se convirtió en equipo de la Liga de las Estrellas.
En sólo cuatro años, el Numancia había pasado de ser casi un recién llegado a Segunda B a un equipo querido por toda España que puso contra las cuerdas al Barça en la Copa del Rey y, ahora, en un equipo de Primera división.
El 14 de enero de 1999 fue otra fecha importante de aquella histórica temporada. El equipo abandonó el estadio de atletismo de Los Pajaritos para estrenar un campo acogedor, muy novedoso y dimensionado, que se convirtió en una referencia para los clubes de la Liga. El nuevo campo de Los Pajaritos se levantó en un tiempo récord (alrededor de seis meses) y El Consejo de Administración numantino financió personalmente las obras. Tiempo después, el Ayuntamiento llegó a un acuerdo para financiar parte de las obras.
El C. D. Numancia iba a estrenar el nuevo milenio como equipo de Primera división. Verlo para creerlo.
