La temporada 1988-89 marcó el inicio de una nueva etapa del Numancia, en la que el club no paró de crecer en todos los sentidos. Aquella temporada fue toda una demostración. Sólo dos derrotas y todos los compromisos en casa saldados con goleadas. El 4 de junio de 1989 y tras endosarle un 8-0 al Endesa de Ponferrada, el Numancia rubricó su ascenso a Segunda B.
Los rojillos, capitaneados por Peloncho en la línea defensiva y con un Monzón que hizo 32 dianas dijeron el adiós definitivo a la Tercera división. Desde 1989, el Numancia era equipo de Segunda división B, categoría en la que se mantuvo ocho temporadas antes de dar el salto al fútbol profesional.
El punto de inflexión en este nueva etapa en Segunda división B llegó en la temporada 92-93 con la llegada de Miguel Ángel Lotina al banquillo soriano y de un grupo de empresarios sorianos capitaneado por Francisco Rubio a la Presidencia.
El club presentaba unas cuentas caóticas y su nuevo presidente impuso su sello personal en la gestión y un modelo de club que pronto empezó a dar sus frutos. Al final de la campaña 92-93 los rojillos se colaron en el play off del ascenso a Segunda A, éxito que repitieron de nuevo una temporada después.
El Numancia no logró el premio del ascenso en sus dos primeros intentos, pero era ya un conjunto candidato para hacerlo cada comienzo de Liga en la categoría de bronce del fútbol español.
