La temporada 60-61 fue el comienzo de una de las épocas doradas del club. El Numancia con una grave crisis y descendido a Regional no supo hasta iniciada la temporada en que categoría iba a competir. Una serie de carambolas le permitieron mantenerse en Tercera, desarrollando una gran competición que terminó en tercera posición y con el triunfo de la Copa Primavera, el primer título oficial que acogieron la vitrinas numantinas.
Durante las siguientes cinco temporadas, hasta la 65-66, el Numancia cosechó grandes clasificaciones con tres primeros puestos y disputando siembre la liguilla de ascenso. Eran los tiempos de alineaciones míticas formadas por Bona, Emilio, Edesa y Pappalardo como guardamentas; Ocáriz, Burrel, Cardiel, Casado, Teodoro y Larrainzar como defensas; Alemán, Cáceres, De Laplaza, Delso y Jurado como centrocampistas y Andrino, Achótegui, Abelio, Álvarez, Galasa, González, Gaspar, Teré y Silvestre como atacantes. Muchos son los aficionados que recuerdan «de carrerilla» estos jugadores.
Durante estos años el Numancia se enfrenta al Atlético de Madrid al que derrotó en un partido amistoso por 3-1 el 8 de diciembre de 1961.
El punto final a esta época vino marcado por dos acontecimientos extradeportivos: el cambio de grupo en Tercera que hizo que el Numancia dejara de pertenecer al grupo aragonés para integrarse con vascos, riojanos y navarros. Y, junto a esto, en los setenta una reestructuración de la Tercera División que deja al Numancia en Regional.