Desde la temporada 2009-10 y hasta 2020, el C. D. Numancia jugó en Segunda división. Un club asentado en la Liga de Fútbol Profesional en el que la estabilidad institucional y su modelo económico y deportivo pasaron por ser uno de los más veteranos y referentes para el fútbol profesional en España.
Durante todos estos años, el club se mantiene con cierta solvencia en la categoría de plata del fútbol español. Temporadas con mayor holgura, otras con alguna que otra dificultad, el equipo numantino se convierte en el más veterano de los que componen el campeonato de Segunda división en cuanto temporadas consecutivas en la categoría.
En la temporada 2017-18, el C. D. Numancia cuaja una campaña sobresaliente y se queda a un paso de la matricula de honor. Entrenado por Jagoba Arrasate, el C. D. Numancia accede a los octavos de final de la Copa y queda eliminado por el Real Madrid, reciente campeón de Europa. Los sorianos consiguen un meritorio empate en el Santiago Bernabeu (2-2) en el partido de vuelve.
En liga, el C. D. Numancia vuelve a jugar la promoción de ascenso a Primera división y se queda a un partido de volver a subir a la liga de las estrellas. Elimina en la primera eliminatoria al Real Zaragoza (inolvidable el gol de Diamanka en los minutos finales para superar la ronda semifinal) y queda eliminado por el Real Valladolid, equipo que finalmente asciende a Primera división.
Tras este éxito, el club cambia de propietarios. El consejo de administración presidido por Francisco Rubio Garcés acuerda la venta del C. D. Numancia a un grupo inversor formado por empresarios españoles y ecuatorianos, ligados al Club Independiente del Valle de Ecuador.
Moisés Israel asume la presidencia, que mantiene durante dos temporadas, dejando al testigo en junio de 2021 a Santiago Morales, ejecutivo de Independiente del Valle que pasa a ejercer como presidente del C. D. Numancia, con Eduardo Rubio como director general de la entidad.
