El C. D. Numancia comenzó su andadura en Primera División en la temporada 1999-2000 bajo las órdenes en el banquillo de Andoni Goikoetxea, histórico jugador del Athletic Club de Bilbao que daba sus primeros pasos como técnico en los banquillos.
Era un año de ilusión para la afición, un año de regalo, un sueño lejano con el que jugaba hasta la letra del himno del club. Los sorianos sabían que tendrían que pelear y sufrir, pero al equipo hasta le sobró una jornada para asegurarse la permanencia en Primera. Tras el empate logrado en Vitoria frente al Alavés de Mané, el Numancia se mantuvo un año más en la Liga de las Estrellas, nueva fiesta en la parroquia soriana.
La siguiente temporada, la 2000-01, fue también compleja para los sorianos, pero en esta ocasión no acompañaron factores como la suerte o los resultados previsibles en otros encuentros. El Numancia descendió a Segunda división.
Aquellos primeros dos años en Primera dejaron grandes tardes de fútbol e inolvidables marcadores como el 3-1 frente al Real Madrid o los empates frente al Barça, un equipo que nunca ha ganado en tierras sorianas. El Numancia no seguía en la máxima categoría, pero era ya uno de los grandes, un equipo del fútbol profesional consolidado, querido y respetado.
Pero la Primera División no quedó en un paso efímero, sino que el Numancia la hizo su hogar en varias temporadas más como en la 2004-05 o en la 2008-09 tras sendos ascensos de categoría.
El último logro de los sorianos fue el campeonato de Liga de Segunda división en la temporada 07-08 en la entonces llamada Liga BBVA, con el consiguiente ascenso a Primera. El Numancia lideró la clasificación en las últimas semanas y le sobraron siete encuentros para asegurar un ascenso magistralmente dirigido por Gonzalo Arconada. El técnico guipuzcoano lideró a un gran grupo que se mostró infalible durante toda la contienda, alcanzando al final el primer gran título para los rojillos, la Copa de campeones de Liga.
